Aix-Marseille Université doctoral thesis (amu_these)

%
% Aix-Marseille Université <@univ-amu.fr>
% Version 1.0 released 02/06/2024
\NeedsTeXFormat{LaTeX2e}
\ProvidesClass{amu_these}[2025/04/01 Classe personnelle, 1.1]

%%% classe de base (KOMA-Script)
\LoadClass{scrreprt}						%% classe report KOMA-Script
\KOMAoptions{
	paper=a4,								%% taille du papier
	fontsize=12pt,							%% taille de la police
	DIV=12,									%% taille des marges
	BCOR=0mm,								%% taille de la reliure
	twoside=off,							%% recto-verso
	listof=totoc,							%% LOFT dans la TOC
	index=totoc								%% index dans la TOC
	}

\RequirePackage{lipsum}						%% lorem ipsum (exemple)

%%% extensions minimales
\RequirePackage[utf8]{inputenc}				%% encodage du texte
\RequirePackage[T1]{fontenc}				%% encodage des fontes
\RequirePackage{fourier}					%% polices Adobe Utopia (activés)
\RequirePackage[english,main=french]{babel}	%% typographie (français par défaut)
\RequirePackage[babel]{csquotes}			%% guillemets typographiques
\MakeAutoQuote{«}{»}						%% espacement automatique des guillemets

%%% typographie et mise en page
\RequirePackage{scrhack}					%% macros personnalisées (KOMA-Script)
\RequirePackage[
	automark,								%% rappel du titre de chapître en en-tête
	autooneside=false						%% pour le rappel du chapître et de la partie en en-tête
	]{scrlayer-scrpage}						%% en-tête/pied de page personnalisés (KOMA-Script)
\RequirePackage{textcomp}					%% symboles complémentaires
\RequirePackage{hyphenat}					%% césure explicite
\RequirePackage[babel=true]{microtype}		%% microtypographie

\RequirePackage[bottom=10em]{geometry}		%% réduit le bas de page pour numéroter les pdf insérés
\RequirePackage{setspace}					%% modification de l'interligne

\pagestyle{scrheadings}						%% style de page
%\setkomafont{disposition}{\bfseries}		%% titrage en police sérif (décommenter)
%\setkomafont{descriptionlabel}{\bfseries}	%% entrée des glossaires en police sérif (décommenter)

%%% tableaux et figures
\RequirePackage{float}						%% définit les objets flottants (figures et tableaux)
\RequirePackage{graphicx}					%% graphiques et figures
\RequirePackage[export]{adjustbox}			%% permet de définir une taille minimale ou maximale
\RequirePackage{subfig}						%% figures multiples
\RequirePackage{caption}					%% légendes des figures
\RequirePackage{tabularx}					%% tableaux
\RequirePackage{multirow}					%% fusion des cellules dans les tableaux 
\RequirePackage{makecell}					%% sauts des lignes dans les cellules	
\RequirePackage{array}						%% amélioration des tableaux
\RequirePackage{booktabs}					%% tables formelles
\RequirePackage{tikz}						%% figures en code natif
\usetikzlibrary{decorations.markings}

\floatplacement{figure}{H}					%% placer une figure là où elle a été appelée
\graphicspath{{fig/}{logo/}}				%% chemins vers fichiers images

%%% appareil de référence (sauf glossaires)
\PassOptionsToPackage{						%% options biblatex
	backend=biber,							%% compilateur par défaut pour biblatex
	maxnames=3,								%% nombre max. de noms auteurs dans la bibliographie
	minnames=3,								%% nombre min. de noms auteurs dans la bibliographie
	maxcitenames=1,							%% nombre max. de noms auteurs dans les citations
	mincitenames=1,							%% nombre min. de noms auteurs dans les citations
	sorting=nyt,							%% trier par nom, année, titre
	pagetracker,							%% pour l'utilisation d'ibidem
	ibidtracker=constrict,					%% pour l'utilisation d'ibidem
	citestyle=authoryear-ibid,				%% style de citation auteur-année
	bibstyle=alphabetic,					%% style de bibliographie alphabétique
%	bibstyle=iso-authoryear,				%% style de bibliographie ISO 690
	backref=true							%% liens retour des références (cf. p.)
	}
	{biblatex}
\RequirePackage{biblatex}					%% gestion de la bibliographie avec biblatex
\addbibresource{biblio.bib}					%% fichiers sources bibliographiques

\RequirePackage{enotez}						%% notes de fin
\setenotez{
	list-name=Notes,						%% titre des notes
	totoc=chapter,							%% niveau des notes dans la TOC
	backref									%% hyperlien retour des notes
	}
\RequirePackage{imakeidx}					%% index
\RequirePackage{etoc}						%% fonctions pour TOC locale
\setuptoc{toc}{totoc}						%% ajoute la TOC à la TOC
\newcommand{\chaptertoc}[1][Sommaire]{%		%% définit une commande pour la TOC locale (Sommaire)
	\etocsetnexttocdepth{3}%				%% profondeur de la TOC locale
	\etocsettocstyle{\addsec*{#1}}{}%
	\localtableofcontents%
}
\RequirePackage{nameref}					%% références croisées avec nommage littérale

\makeindex[									%% génère l'index
	program=makeindex,						%% compilateur
	options=-s alpha.ist,					%% paramètre en-têtes alphabétiques
	columns=1,								%% nombre de colonnes
	intoc									%% index dans la TOC
	]

%%% mathématiques, physique, chimie
\RequirePackage{amsmath}					%% formules mathématiques
\RequirePackage{amssymb}					%% symboles mathématiques
\RequirePackage{amsfonts}					%% polices mathématiques

\RequirePackage{xspace}						%% gestions des espaces dans les macros
\RequirePackage{xparse}						%% macros avancées
\RequirePackage{nicefrac}					%% fractions en ligne (voir aussi xfrac)
\RequirePackage{siunitx}					%% unités du système international
\AtBeginDocument{\RenewCommandCopy\qty\SI}	%% uitilisation de siunitx et physics
\ExplSyntaxOn
\msg_redirect_name:nnn { siunitx } { physics-pkg } { none }
\ExplSyntaxOff
\sisetup{									%% options pour les unités
	list-final-separator = { \translate{and} },	
	list-pair-separator  = { \translate{and} },
	output-decimal-marker = {,},
	exponent-product = {\cdot},
	separate-uncertainty = true,
	product-units=single
	}
\PassOptionsToPackage{version=4}{mhchem}
\RequirePackage{mhchem}						%% chimie

\RequirePackage{physics}					%% physique

%%% PDF
\RequirePackage{pdfpages}					%% insertion de pdf
\RequirePackage{hyperref}					%% pdf interactifs (package hyperref appelé en dernier)

\pdfminorversion=5							%% PDF en version 1.5
\pdfobjcompresslevel 0							%% compression des objets (passer à 3 pour alléger le fichier)
\pdfcompresslevel 0							%% compression du PDF (passer à 9 pour alléger le fichier)

\hypersetup{
	%backref=true,							%% ajout de liens (par défaut)
	%pagebackref=true,						%% dans la bibliographie (par défaut)
	%hyperindex=true,						%% dans l'index (par défaut)
	%bookmarks=true,						%% signets Acrobat (par défaut)
	breaklinks=true,						%% retour à la ligne (liens trop longs)
	colorlinks=true,						%% colorise liens
	urlcolor=blue,							%% couleur hyperliens
	citecolor=blue,							%% couleur liens bibliographie
	linkcolor=blue,							%% couleur liens internes
	anchorcolor=blue,						%% couleur liens ancres
	bookmarksopen=false,					%% signets repliés par défaut
	linktocpage=false,						%% lien numéro de page dans TOC
%% métadonnées :							%% ATTENTION > à compléter
	pdftitle={Titre},
	pdfauthor={Prénom NOM},
	pdfsubject={Résumé},
	pdfkeywords = {mot clé, keyword, ...},
	}

%%% glossaires
\RequirePackage[
	acronym,								%% liste des acronymes
	xindy,									%% compilateur xindy
	toc,									%% affichage dans la TOC
	style=altlist							%% affichage des entrées
	]
	{glossaries}							%% glossaires (le package glossaries est chargé après le package hyperref)
\newglossary[nlg]{notation}{not}{ntn}{Nomenclature} % Création d'un type de glossaire 'notation'
\makeglossaries								%% génère les glossaires
\loadglsentries{tex_before/gloss}				%% fichiers sources glossaires

%%% commandes personnelles (macros)
\newcommand{\langue}{\emph}					%% mots en langues étrangères en italique : \langue{framework}
\newcommand{\citital}{\emph}				%% citation en italique : \citital{to be or not to be}
\renewcommand{\mkbegdispquote}[2]{\itshape} %% courte citation en italique : \begin{displayquote} ... \end{displayquote}

\newcommand{\acc}{\ensuremath{\omega ^{2}=\omega ^{2}_{0}+2\alpha \theta}\xspace}
\newcommand{\emiss}[2][]{\ensuremath{\varepsilon_{#2}^{#1}}\xspace}

%%% commandes pour la page de titre
\definecolor{blueamu}{RGB}{30,100,222}
\definecolor{yellowamu}{RGB}{255,255,133}
\makeatletter\newcommand\HUGE{\@setfontsize\Huge{28}{0}}\makeatother

%%% reconfigurations personnalisées
\setcounter{secnumdepth}{3}					%% profondeur des sections numérotées
\setcounter{tocdepth}{2}					%% profondeur des sections dans la table des matières
\counterwithout{equation}{chapter}			%% numérotation continue des formules
\addto\captionsfrench{\def\tablename{Tableau}}		%% renomme Table en Tableau dans les légendes

%\renewcommand{\thefootnote}{\alph{footnote}}		%% format de numérotation des notes de bas de page
%\let\footnote=\endnote								%% passe les footnote en endnote

\renewcommand*{\sfdefault}{phv} % sélectionne la fonte Helvetica pour le titrage sans sérif

@article{tomcsanyi_abolishing_1990,
  title = {Abolishing a Sinus Arrest Resistant to Atropine by Aminophylline},
  volume = {29},
  issn = {0167-5273},
  doi = {10.1016/0167-5273(90)90281-9},
  abstract = {A 66-year-old patient is presented in whom sinus arrest resistant to atropine was abolished by aminophylline, a competitive antagonist of adenosine.},
  timestamp = {2016-03-29T12:21:51Z},
  number = {1},
  urldate = {2016-03-29},
  url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0167527390902819},
  journal = {International Journal of Cardiology},
  author = {Tomcs{\'a}nyi, J{\'a}nos and Gr{\'o}sz, Andrea and Karl{\'o}cai, Krist{\'o}f},
  month = oct,
  year = {1990},
  keywords = {Adenosine,Aminophylline,Sinus arrest},
  pages = {96--98}
}

@article{jamon_ground-based_2008,
  title = {Ground-{{Based Researches}} on the {{Effects}} of {{Altered Gravity}} on {{Mice Development}}},
  volume = {21},
  issn = {0938-0108, 1875-0494},
  doi = {10.1007/s12217-008-9098-0},
  abstract = {This chapter reviews some consequences of the exposure to an altered gravity environment on the development of small mammals. A point is made on the possible existence of several critical periods, and their interactions, in relation with the multiple points of application of the gravity influence on developing organisms, and the need to coordinate the researches on the various structures concerned. The European effort to integrate a multidisciplinary exploration, from the genes expression to the behavioural output, in a topical team is presented, and a new French centrifuge facility for mice is described. A second part reports the preliminary results of a study on the motor performance of ageing (9 months) mice exposed to Hypergravity (2 g), in the new French centrifuge, between the 10th to 31 postnatal day, a key period for motor development in mice. This study shows for the first time that a transient exposure to an hypergravity environment during the period of motor development in the mouse produced an irreversible modification of the motor function.},
  timestamp = {2017-02-24T15:01:26Z},
  number = {4},
  url = {http://www.springerlink.com/content/f2109u635k57707u/},
  journal = {Microgravity Science and Technology},
  author = {Jamon, Marc and Serradj, Najet},
  month = nov,
  year = {2008},
  keywords = {Critical period,Developmental biology,Hypergravity,Locomotion,Mice},
  pages = {327--337},
  file = {art%3A10.1007%2Fs12217-008-9098-0.pdf:/home/peachaku/.zotero/zotero/yd3kld0y.default/zotero/storage/272MCJ72/art%3A10.1007%2Fs12217-008-9098-0.pdf:application/pdf}
}

@article{zohdy_mapping_2012,
  title = {Mapping the Social Network: Tracking Lice in a Wild Primate ({{Microcebus}} Rufus) Population to Infer Social Contacts and Vector Potential},
  volume = {12},
  copyright = {2012 Zohdy et al; licensee BioMed Central Ltd.},
  issn = {1472-6785},
  shorttitle = {Mapping the Social Network},
  doi = {10.1186/1472-6785-12-4},
  abstract = {Studies of host-parasite interactions have the potential to provide insights into the ecology of both organisms involved. We monitored the movement of sucking lice (Lemurpediculus verruculosus), parasites that require direct host-host contact to be transferred, in their host population of wild mouse lemurs (Microcebus rufus). These lemurs live in the rainforests of Madagascar, are small (40 g), arboreal, nocturnal, solitary foraging primates for which data on population-wide interactions are difficult to obtain. We developed a simple, cost effective method exploiting the intimate relationship between louse and lemur, whereby individual lice were marked, without removal from their host, with an individualized code, and tracked throughout the lemur population. We then tested the hypotheses that 1) the frequency of louse transfers, and thus interactions, would decrease with increasing distance between paired individual lemurs; 2) due to host polygynandry, social interactions and hence louse transfers would increase during the onset of the breeding season; and 3) individual mouse lemurs would vary in their contributions to the spread of lice.},
  timestamp = {2017-02-24T15:01:27Z},
  number = {1},
  url = {http://www.biomedcentral.com/1472-6785/12/4/abstract},
  journal = {BMC Ecology},
  author = {Zohdy, Sarah and Kemp, Addison D. and Durden, Lance A. and Wright, Patricia C. and Jernvall, Jukka},
  month = mar,
  year = {2012},
  keywords = {Lice,Mouse lemur,Parasite,Primate,Social contact,Vector potential},
  pages = {4},
  file = {art%3A10.1186%2F1472-6785-12-4.pdf:/home/peachaku/.zotero/zotero/yd3kld0y.default/zotero/storage/NFJQAXSM/art%3A10.1186%2F1472-6785-12-4.pdf:application/pdf}
}

@article{godard_borreliose_2012,
  title = {La Borr{\'e}liose de {{Lyme}} : Un Risque Sanitaire {\'E}mergent Dans Les For{\^e}ts Franciliennes ?},
  copyright = {\textcopyright{} CNRS-UMR G{\'e}ographie-cit{\'e}s 8504},
  issn = {1278-3366},
  shorttitle = {La Borr{\'e}liose de {{Lyme}}},
  doi = {10.4000/cybergeo.25285},
  abstract = {Largement r{\'e}pandue dans les r{\'e}gions temp{\'e}r{\'e}es de l'h{\'e}misph{\`e}re nord, la borr{\'e}liose de Lyme est la maladie {\`a} transmission vectorielle la plus fr{\'e}quente sur l'ensemble de son aire de distribution. Depuis sa mise en {\'e}vidence chez l'Homme en 1977, elle est consid{\'e}r{\'e}e comme une maladie {\'e}mergente, car son incidence a rapidement augment{\'e} au cours des derni{\`e}res d{\'e}cennies. En revenant pr{\'e}alablement sur la notion d'{\'e}mergence, nous avons discut{\'e} du caract{\`e}re {\'e}mergent de cette affection. Il nous para{\^\i}t alors difficile de vouloir g{\'e}n{\'e}raliser l'{\'e}mergence tant il existe une vari{\'e}t{\'e} de situations et de contextes (g{\'e}ographique, biologique, socio-{\'e}conomique). Actuellement, la borr{\'e}liose de Lyme semble poser une nouvelle probl{\'e}matique de sant{\'e} publique dans les espaces fortement urbanis{\'e}s, et ce, en raison d'une forte concentration humaine et de la capacit{\'e} polarisante des grands massifs forestiers p{\'e}riurbains. Cette crainte d'une augmentation du risque, qui est en cours d'{\'e}valuation, est exprim{\'e}e de fa{\c c}on importante en r{\'e}gion {\^I}le-de-France, et en particulier autour de la for{\^e}t de S{\'e}nart. Une {\'e}tape de l'anticipation du risque de borr{\'e}liose de Lyme est alors conduite par la n{\'e}cessit{\'e} de prendre en consid{\'e}ration les expositions et les facteurs de risque. Ainsi la mise en {\'e}vidence de contacts entre les itin{\'e}raires de d{\'e}placement des usagers en for{\^e}t et les espaces et environnements dits {\`a} \guillemotleft~risque~\guillemotright{} constitue de fait une voie privil{\'e}gi{\'e}e. L'int{\'e}r{\^e}t {\'e}tant de spatialiser ce contact et de r{\'e}fl{\'e}chir {\`a} comment minimiser le risque sur le plan paysager.},
  timestamp = {2017-02-24T15:01:27Z},
  url = {http://cybergeo.revues.org/25285},
  journal = {Cybergeo : European Journal of Geography},
  author = {Godard, Vincent and M{\'e}ha, Christelle and Moulin, Bernard and Haddad, Hedi},
  month = apr,
  year = {2012},
  keywords = {borréliose de Lyme,émergence,forêt de Sénart,France,périurbain,risque sanitaire,vulnérabilité},
  file = {cybergeo-25285.pdf:/home/peachaku/.zotero/zotero/yd3kld0y.default/zotero/storage/3W2AEADQ/cybergeo-25285.pdf:application/pdf}
}

@article{leveque_winsor_2012,
  title = {Winsor {{McCay}}, Comics, Films, R{\^e}ves},
  timestamp = {2017-02-24T15:01:27Z},
  url = {http://magasindesenfants.hypotheses.org/3109},
  journal = {Le magasin des enfants},
  author = {L{\'e}v{\^e}que, Mathilde},
  month = jul,
  year = {2012},
  keywords = {Expositions,Nous signalons...},
  file = {Winsor McCay, comics, films, rêves – Le magasin des enfants:/home/peachaku/.zotero/zotero/yd3kld0y.default/zotero/storage/GSRT5UPH/3109.html:text/html}
}

@article{mohamed_clinical_2014,
  title = {Clinical Impact of Ultra Deep versus {{Sanger}} Sequencing Detection of Minority Mutations on {{HIV}}-1 Drug Resistance Genotype Interpretation after Virological Failure},
  volume = {14},
  issn = {1471-2334},
  doi = {10.1186/1471-2334-14-S2-O1},
  timestamp = {2017-02-24T15:02:45Z},
  number = {2},
  urldate = {2017-02-24},
  url = {http://dx.doi.org/10.1186/1471-2334-14-S2-O1},
  journal = {BMC Infectious Diseases},
  author = {Mohamed, Sofiane and Penaranda, Guillaume and Gonzalez, Dimitri and Camus, Claire and Khiri, Hac{\`e}ne and Boulm{\'e}, Ronan and Sayada, Chalom and Philibert, Patrick and Olive, Daniel and Halfon, Philippe},
  year = {2014},
  pages = {O1},
  file = {Full Text PDF:/home/peachaku/.zotero/zotero/yd3kld0y.default/zotero/storage/BRQABXW6/Mohamed et al. - 2014 - Clinical impact of ultra deep versus Sanger sequen.pdf:application/pdf}
}

\addchap{Abstract and keywords}
\label{chap:abstract}
\selectlanguage{english}
\lipsum[1]\index{rutrum}

\vspace{0.5cm}
Keywords: computational geometry, planar and rectangular complex, geodesic, global nonpositive curvature
\selectlanguage{french}

\newpage
\addchap{Affidavit}
\label{chap:affidavit}
\thispagestyle{empty}

\iftrue % Déclaration sur l'honneur pour une thèse en français (inverser les \if pour une thèse en anglais)
    Je soussigné·e, [Prénom Nom], %% Prénom et Nom de l'auteur %%
    déclare par la présente que le travail présenté dans ce manuscrit est mon propre travail, réalisé sous la direction scientifique de [Prénom Nom], % Prénom et Nom du directeur de thèse et s’il y a lieu du co-directeur de thèse
    dans le respect des principes d’honnêteté, d'intégrité et de responsabilité inhérents à la mission de recherche. Les travaux de recherche et la rédaction de ce manuscrit ont été réalisés dans le respect à la fois de la charte nationale de déontologie des métiers de la recherche et de la charte AMU relative à la lutte contre le plagiat.
    
    Ce travail n'a pas été précédemment soumis en France ou à l'étranger dans une version identique ou similaire à un organisme examinateur.\\
    
    Fait à [ville] le [date]
    
    \begin{flushright}\includegraphics[width=120px,height=40px]{example-image-a}\end{flushright}% signature

    ~\vfill
    \begin{center}
        \begin{minipage}[c]{0.25\linewidth}
            \includegraphics[height=35px]{by-nc-nd-eu}
        \end{minipage}\hfill
    \end{center}

    Cette \oe{}uvre est mise à disposition selon les termes de la \href{https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.fr}{Licence Creative Commons Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification 4.0 International}. % consultez les conditions de la licence cc by-nc-nd, vous pouvez appliquer une licence moins restrictive, cc by-nc-sa par exemple
\fi

\iffalse % Affidavit of Honour for english thesis (invert the \if for an English thesis)
    I, undersigned, [First Name Surname], %% First Name and Surname of the PhD student
    hereby declare that the work presented in this manuscript is my own work, carried out under the scientific supervision of [First Name Surname], %% First Name and Surname of the thesis director and if applicable of the co-thesis director
    in accordance with the principles of honesty, integrity and responsibility inherent to the research mission. The research work and the writing of this manuscript have been carried out in compliance with both the french national charter for Research Integrity and AMU charter on the fight against plagiarism.
    
    This work has not been submitted previously either in this country or in another country in the same or in a similar version to any other examination body.\\
    
    [Place] [date]
    
    \begin{flushright}\includegraphics[width=120px,height=40px]{example-image-a}\end{flushright}% signature

    ~\vfill
    \begin{center}
        \begin{minipage}[c]{0.25\linewidth}
            \includegraphics[height=35px]{by-nc-nd-eu}
        \end{minipage}\hfill
    \end{center}

    This work is licensed under \href{https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.en}{Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International Public License}
\fi

%%% Acronymes

\newacronym{bc}{BC}{band contrast}

\newacronym{asb}{ASB}{bande de cisaillement adiabatique --ou \emph{Adiabatic Shear Band}--}


%%% Définitions (glossaire standard)

\newglossaryentry{rutile}{
	name={rutile},
	description={Espèce minérale composée de dioxyde de titane (\ce{TiO2}) et de traces de fer},
	}
	

%%% Nomenclature	

\newglossaryentry{+a}{
  type=notation,
  name={$+a$},
  description={Opérateur},
  sort={aaa}
}

\newglossaryentry{2a}{
  type=notation,
  name={$2a$},
  description={Nombre},
  sort={aab}
}

\newglossaryentry{ca}{
  type=notation,
  name={$:a$},
  description={Symbole de ponctuation},
  sort={aac}
}

\newglossaryentry{Aa}{
  type=notation,
  name={$Aa$},
  description={Lettre majuscule},
  sort={aad}
}

\newglossaryentry{aa}{
  type=notation,
  name={$aa$},
  description={Lettre minuscule},
  sort={aae}
}

\newglossaryentry{alpha}{
  type=notation,
  name={$\alpha$},
  description={Lettre grecque},
  sort={aaf}
}

\newpage
\addchap{Liste de publications et participation aux conférences}
\label{chap:publications}
\addsec*{Liste des publications et/ou brevets réalisées dans le cadre du projet de thèse:}
\begin{enumerate}
\item 
\item 
\item 
\end{enumerate}


\addsec*{Participation aux conférences et écoles d’été au cours de la période de thèse:}
\begin{enumerate}
\item 
\item 
\item 
\end{enumerate}

\addchap{Remerciements}
Le modèle de thèse AMU n'existerait pas sans la contribution des doctorants. Nous souhaitons remercier tout particulièrement \href{http://www.theses.fr/2011AIX20720}{Mickaël Bojados}, \href{http://www.theses.fr/2011AIX22111}{Flora Cordoleani}, \href{http://www.theses.fr/2014AIXM4013}{Florian Caullery} et \href{https://theses.fr/2023AIXM0574}{Paul Pouzergues} pour leur aide précieuse et la qualité de leurs fichiers sources LaTeX. La mise à jour effectuée en 2018 doit beaucoup à l'excellent travail de \href{http://theses.fr/2014ENMP0038}{Dorian Depriester}.

\lipsum[1-2]\index{mauris}

\addchap{Résumé et mots clés}
\label{chap:resume}
\lipsum[1]\index{rutrum}

\vspace{0.5cm}
Mots clés: géométrie algorithmique, complexe planaire et rectangulaire, géodésique, courbure globale non-positive

\chead{}
\pdfbookmark[0]{Page de titre}{titre}
\thispagestyle{empty}
\newgeometry{margin=2em}
% \newgeometry{left=3em,right=2em,top=2em,bottom=2em} %% marge pour la reliure en cas d'exemplaire imprimé

\vspace{1em}

\begin{center}
	\begin{minipage}[c]{.5\linewidth}
		\raggedright\includegraphics[height=7em]{logo_amu}
	\end{minipage}\hfill
	\begin{minipage}[c]{.5\linewidth}
		%\raggedleft\includegraphics[height=7em]{example-image-b} %% logo établissement en cotutelle, le cas échéant
	\end{minipage}\hfill
\end{center}

%\vspace{.4em}

\begin{center}
	\begin{minipage}[c]{.77\linewidth}
		\textcolor{yellowamu}{\noindent\rule{\textwidth}{4pt}}
	\end{minipage}\hfill
	\begin{minipage}[c]{.23\linewidth}
		\raggedleft\textsf{NNT : 2025AIXM0000}
		% renseigner votre numéro national de thèse (NNT)
	\end{minipage}\hfill
\end{center}

%\vspace{1em}

\doublespacing
\begin{flushleft}
    \textsf{\HUGE\textcolor{blueamu}{THÈSE DE DOCTORAT}}\\
	\textsf{\Large Soutenue à AMU ― Aix-Marseille Université}\\
	%\textsf{\Large dans le cadre d'une cotutelle avec }\\ %% établissement en cotutelle, le cas échéant
	\textsf{\Large le 10 janvier 2025 par}\\
\end{flushleft}
\vspace{2em}
\begin{center}
	\textsf{\textbf{\Huge Prénom NOM}}\\
    \vspace{1em}
	\textsf{\LARGE Titre de la thèse:}\\ 
	\textsf{\Large sous-titre de la thèse}\\
\end{center}
\singlespacing

\vspace{4em}

\begin{center}
	\begin{minipage}[t]{.45\linewidth}
    	    \vspace{.5em}
        	\textsf{\textbf{Discipline}}
        	
        	\textsf{Liste des disciplines en \hyperref[chap:doctorats]{annexe A}}
        	
    	    \vspace{1em}
        	\textsf{\textbf{Spécialité}}
        	
        	\textsf{Liste des spécialités en \hyperref[chap:doctorats]{annexe A}}
        	
    	    \vspace{2em}
        	\textsf{\textbf{École doctorale}}
        	
        	\textsf{Liste des écoles doctorales en \hyperref[chap:doctorats]{annexe A}}
        	
    	    \vspace{1em}
        	\textsf{\textbf{Laboratoire/Partenaires de recherche}}
        	
        	\textsf{Renseigner les partenaires institutionnels\\
        	et les partenaires privés, un par ligne
        	}

    	    \vspace{3em}
        	\textsf{Consignes de présentation détaillées\\
			des pages liminaires en \hyperref[chap:consignes]{annexe B}}
	\end{minipage}\hfill
	\begin{minipage}[t]{.03\linewidth}
	    \rule[-280pt]{1pt}{280pt}
	\end{minipage}\hfill
	\begin{minipage}[t]{.52\linewidth}
	    \vspace{.5em}
    	\textsf{\textbf{Composition du jury}}

	    \vspace{1em}
    	\textsf{
        \begin{tabular}{p{12em} p{10em}}
        	Prénom NOM & Rapporteur·e \\
        	Titre et affiliation \\
        	\\
        	Prénom NOM & Rapporteur·e \\
        	Titre et affiliation \\
            \\
            Prénom NOM & Examinateur·rice \\
        	Titre et affiliation \\
            \\
        	Prénom NOM & Président·e du jury \\
        	Titre et affiliation \\
            \\
        	Prénom NOM & Directeur·rice de thèse \\
        	Titre et affiliation \\
           \\
        	Prénom NOM & Membre invité·e \\
        	Titre et affiliation \\
        \end{tabular}
        }
	\end{minipage}\hfill
\end{center}       

\vspace{2em}

\begin{center} %% logos partenaires
	\begin{minipage}[c]{.25\linewidth}
		\centering\includegraphics[height=5em]{example-image-a} 
	\end{minipage}\hfill
	\begin{minipage}[c]{.25\linewidth}
		\centering\includegraphics[height=5em]{example-image-b}
	\end{minipage}\hfill
	\begin{minipage}[c]{.25\linewidth}
		\centering\includegraphics[height=5em]{example-image-c} 
	\end{minipage}\hfill
	\begin{minipage}[c]{.25\linewidth}
	\end{minipage}\hfill
\end{center}

\restoregeometry

\chapter{Intitulés des doctorats AMU}
\label{chap:doctorats}

		\begin{itemize}
		\item Discipline
			\begin{itemize}
			\item Spécialité
			\end{itemize}
		\end{itemize}
		
	\addsec*{ED 62 SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE (avant 2025)}\label{ed-62-sciences-de-la-vie-et-de-la-sante}

		\begin{itemize}
		\item Biologie santé
			\begin{itemize}
			\item Biochimie structurale
			\item Génomique et Bioinformatique
			\item Biologie du développement
			\item Immunologie
			\item Génétique
			\item Microbiologie
			\item Biologie végétale
			\item Neurosciences
			\item Oncologie
			\item Maladies infectieuses
			\item Pathologie vasculaire et Nutrition
			\item Ethique
			\item Recherche clinique et Santé publique
			\item Biotechnologie
			\end{itemize}
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 67 SCIENCES JURIDIQUES ET POLITIQUES}\label{ed-67-sciences-juridiques-et-politiques}

		\begin{itemize}
		\item Droit
			\begin{itemize}
			\item Droit privé
			\item Droit public
			\item Histoire du droit
			\end{itemize}
		\item Science Politique
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 184 MATHEMATIQUES ET INFORMATIQUE}\label{ed-184-mathematiques-et-informatique}

		\begin{itemize}
		\item Mathématiques
		\item Informatique
		\item Automatique
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 250 SCIENCES CHIMIQUES DE MARSEILLE}\label{ed-250-sciences-chimiques-de-marseille}

		\begin{itemize}
		\item Sciences chimiques
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 251 SCIENCES DE L'ENVIRONNEMENT}\label{ed-251-sciences-de-lenvironnement}

		\begin{itemize}
		\item Sciences de l'environnement
			\begin{itemize}
			\item Anthropologie biologique
			\item Ecologie
			\item Géosciences 
			\item Génie des procédés
			\item Océanographie
			\item Chimie 
			\item Environnement et santé 
			\end{itemize}
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 352 PHYSIQUE ET SCIENCES DE LA MATIERE}\label{ed-352-physique-et-sciences-de-la-matiere}

		\begin{itemize}
		\item Physique et Sciences de la matière 
			\begin{itemize}
			\item Astrophysique et Cosmologie
			\item Biophysique
			\item Energie, Rayonnement et Plasma
			\item Instrumentation
			\item Optique, Photonique et Traitement d'image
			\item Physique des particules et astroparticules
			\item Physique théorique et Mathématique
			\item Matière condensée et Nanosciences 
			\end{itemize}
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 353 SCIENCES POUR L'INGENIEUR~: MECANIQUE, PHYSIQUE, MICRO ET NANOELECTRONIQUE}\label{ed-353-sciences-pour-lingenieur-mecanique-physique-micro-et-nanoelectronique}

		\begin{itemize}
		\item Sciences pour l'ingénieur
			\begin{itemize}
			\item Energétique
			\item Mécanique et physique des fluides 
			\item Acoustique
			\item Mécanique des solides
			\item Micro et Nanoélectronique
			\item Génie civil et Architecture
			\item Nucléaire de fission 
			\item Fusion magnétique
			\end{itemize}
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 354 LANGUES, LETTRES ET ARTS}\label{ed-354-langues-lettres-et-arts}

		\begin{itemize}
		\item Etudes anglophones
		\item Etudes germaniques
		\item Etudes slaves
		\item Langues et littératures d'Asie
			\begin{itemize}
			\item Chinois
			\item Vietnamien
			\item Coréen
			\end{itemize}
        	\item Arts
            		\begin{itemize}
            		\item Arts plastiques 
            		\item Sciences de l'art
            		\item Musique et musicologie
            		\item Etudes cinématographiques et audiovisuelles
            		\item Arts de la scène
            		\item Médiation culturelle des arts
            		\end{itemize}
        	\item Pratique et théorie de la création artistique et littéraire
		\item Langue et Littératures françaises
		\item Littérature générale et comparée
		\item Langues, littératures et civilisations romanes 
			\begin{itemize}
			\item Etudes hispaniques et latino-américaines
			\item Etudes italiennes
			\item Etudes roumaines
			\end{itemize}
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 355 ESPACES, CULTURES, SOCIETES}\label{ed-355-espaces-cultures-societes}

		\begin{itemize}
		\item Géographie
		\item Démographie
		\item Urbanisme et Aménagement du territoire
		\item Préhistoire
		\item Archéologie
		\item Histoire de l'art
		\item Histoire
		\item Sciences de l'antiquité
		\item Mondes arabe, musulman et sémitique
		\item Etudes romanes
		\item Sociologie
		\item Anthropologie
		\item Architecture
		\item Cultures et sociétés d'Asie
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 356 COGNITION, LANGAGE, EDUCATION}\label{ed-356-cognition-langage-education}

		\begin{itemize}
		\item Philosophie
		\item Psychologie
		\item Sciences du langage
		\item Sciences de l'information et de la communication
		\item Sciences de l'éducation
		\item Sciences cognitives
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 372 SCIENCES ECONOMIQUES ET DE GESTION}\label{ed-372-sciences-economiques-et-de-gestion}

		\begin{itemize}
		\item Sciences de gestion
		\item Sciences économiques
		\end{itemize}

	\addsec*{ED 463 SCIENCES DU MOUVEMENT HUMAIN}\label{ed-463-sciences-du-mouvement-humain}

		\begin{itemize}
		\item Sciences du mouvement humain 
		\end{itemize}

    \addsec*{ED 658 - SCIENCES DU VIVANT (depuis 2025)}\label{ed-658-sciences-du-vivant}

		\begin{itemize}
        \item Sciences du vivant
		    \begin{itemize}
            \item Bio-informatique et Génomique
            \item Biochimie structurale
            \item Biologie computationnelle
            \item Biologie du cancer
            \item Biologie du développement
            \item Biologie végétale
            \item Biotechnologie
            \item Immunologie
            \item Microbiologie et Interactions hôte-pathogènes
            \item Neurosciences
		    \end{itemize}
		\end{itemize}

    \addsec*{ED 659 - RECHERCHES BIOMÉDICALES (depuis 2025)}\label{ed-659-recherches-iomédicales}

		\begin{itemize}
            \item Recherches biomédicales
            \begin{itemize}
            \item Ethique, Sciences humaines et santé
            \item Génétique
            \item Ingénierie biomécanique et biomédicale et Thérapeutiques innovantes
            \item Maladies infectieuses et Microbiote
            \item Neurologie, Imagerie et Santé mentale
            \item Oncologie
            \item Pathologies cardio-vasculaires, Nutrition et Inflammation
            \item Recherche clinique, Simulation et Sciences paramédicales
            \item Santé publique
            \item Sport et santé
		    \end{itemize}
		\end{itemize}

\chapter{Consignes de présentation}
\label{chap:consignes}

Vous venez de télécharger le modèle LaTeX pour les thèses de doctorat AMU.
Certains éléments doivent obligatoirement être utilisés:
\\


\begin{figure}[h!tbp]
	%\vspace{0.5cm}
	\centering
	\includegraphics[width=0.8\textwidth]{titre.pdf}
\end{figure}

\begin{enumerate}
	\item La page de titre des thèses AMU: elle est rédigée en langue française et respecte la charte graphique AMU.
	\item En cas de cotutelle internationale, le logo de l’établissement partenaire doit apparaître en haut à droite de la page de titre;
	\item La composition du jury, l’école doctorale, la discipline et la spécialité (le cas échéant) doivent être conformes au formulaire Adum de demande de soutenance de thèse;
	\item Le numéro national de thèse (NNT) doit être apposé sur la page de titre;
	\item Le cas échéant, les logos d’institutions ou d’unité de recherche partenaires peuvent être ajoutés en bas de la page de titre;
	\item La page \nameref{chap:affidavit}: selon la langue utilisée pour la rédaction de de votre thèse, opter pour la version en français ou en anglais, puis la compléter, la dater et la signer;
	\item La page \nameref{chap:publications} réalisées au cours de votre projet de thèse ;
	\item Les pages \nameref{chap:resume} en français et \nameref{chap:abstract} en anglais: chaque résumé ne doit pas dépasser 4000 caractères;
\end{enumerate}

Selon vos besoins, vous pouvez ajouter les éléments suivants: sommaire et/ou table des matières, liste des figures, liste des tableaux, liste des acronymes, glossaire, index, nomenclature…

Pour le corps de votre thèse, si votre école doctorale ne vous donne pas de consignes plus précises, vous pouvez utiliser les styles établis dans ce modèle ou vos propres styles en suivant ces recommandations:
\begin{itemize}
	\item Police neutre : Il est conseillé d'utiliser une police serif standard pour le texte et une police sans-serif standard pour les titres;
	\item Géométrie : paper=a4, fontsize=12pt, DIV=12;
	\item Interligne simple;
	\item Texte justifié.
\end{itemize}

\begin{figure}[h!tbp]
	%\vspace{0.5cm}
	\centering
	\includegraphics[width=0.3\textwidth]{geometry.pdf}
\end{figure}


Votre thèse devra être déposée en ligne en format PDF version 1.5 minimum sur \href{https://www.adum.fr/}{adum.fr}.

\chapter{Presentation guidelines}
\label{chap:guidelines}
\selectlanguage{english}
You have just downloaded the LaTeX template for AMU doctoral thesis. Some elements must be used:
\\


\begin{figure}[h!tbp]
	%\vspace{0.5cm}
	\centering
	\includegraphics[width=0.8\textwidth]{titre.pdf}
\end{figure}

\begin{enumerate}
    \item The title page of AMU thesis: it is written in French and complies with the AMU graphic charter.
    \item In the case of international cotutelle, the logo of the partner institution must appear at the top right of the title page;
	\item The composition of the jury, the doctoral school, the discipline and the specialty (if applicable) must be in accordance with the Adum application form for the thesis defense;
	\item The national thesis number (NNT) must be displayed on the title page;
	\item Where appropriate, logos of partner institutions or research units can be added to the bottom of the title page;
	\item The \nameref{chap:affidavit} page: according to the language used for writing your thesis, choose the French or English version, then complete, date and sign it;
	\item The \nameref{chap:publications} page made during the course of your thesis project ;
	\item \nameref{chap:resume} in French and \nameref{chap:abstract} in English pages: each summary must not exceed 4,000 characters.\\
\end{enumerate}

Depending on your needs, you can add the following elements: summary and/or table of contents, list of figures, list of tables, list of acronyms, glossary, index, nomenclature...
For the body of your thesis, if your doctoral school does not give you more specific instructions, you can use the styles established in this template or your own styles following these recommendations:
\begin{itemize}
	\item Neutral font : It is recommended to use a standard serif font for text and a standard sans-serif font for titles;
	\item Geometry : paper=a4, fontsize=12pt, DIV=12;
	\item Single-line spacing;
	\item Justified text.\\
\end{itemize}

\begin{figure}[h!tbp]
	%\vspace{0.5cm}
	\centering
	\includegraphics[width=0.3\textwidth]{geometry.pdf}
\end{figure}

Your thesis must be submitted online in PDF 1.5 minimum version format on \href{https://www.adum.fr/}{adum.fr}.

\selectlanguage{french}

%\setcounter{chapter}{0}
%\renewcommand{\thesection}{\Alph{section}}

\addpart{ANNEXES}

\input{tex_behind/annexe1}
\input{tex_behind/annexe2}
\input{tex_behind/annexe3}

\chapter{Généralités}
\chaptertoc{}

\section{Généralités sur la fusion thermonucléaire}

	Lors d'une réaction de fusion, deux noyaux légers s'assemblent pour former un noyau plus lourd. Pour obtenir une réaction de fusion, il faut rapprocher suffisamment deux noyaux qui, puisqu'ils sont tous deux chargés positivement, se repoussent. Une certaine énergie est donc indispensable pour franchir cette barrière et arriver dans la zone, très proche du noyau, où se manifeste l'interaction forte capable de l'emporter sur la répulsion électrostatique.
	\\ %  retour à la ligne
	La réaction de fusion la plus favorable est celle faisant intervenir le deutérium et le tritium:
	\begin{equation}
		_{1}^{2}D^{+}~+~_{1}^{3}T^{+}~\rightarrow ~_{2}^{4}He^{2+}~(3,5\,\textrm{MeV})~+~n~(14,1\,\textrm{MeV})
	    \label{equ:fusion}
	\end{equation}

	\noindent % pas d'indentation en début de paragraphe
	\lipsum[2]\index{mauris}
	Un acronyme utilisé une première fois \gls{asb} puis une seconde fois \gls{asb}. Une définition du glossaire \gls{rutile} et une entrée de la nomenclature \gls{+a}.

\section{Deuxième partie du premier chapitre}

	\lipsum[2]

	L'utilisation des formules dans un environnement autorise les références croisées. Par exemple, nous pouvons faire appel à la formule de la fusion deutérium-tritium~\ref{equ:fusion}. Contrairement à une simple formule centrée :
	$$\ce{(2Na+,SO4^2- ) + (Ba^2+, 2Cl- ) -> BaSO4 v + 2NaCl}$$

	\lipsum[9]

	\begin{displayquote}
	\lipsum[10]
	\end{displayquote}

	A titre d'exemple, nous venons d'insérer une courte citation fictive.

\chapter{ Méthodologie de la recherche}
\chaptertoc{}

\section{Matériel et méthodes}

	\subsection{Modèle animal}

	\lipsum[1]\index{rutrum}

	Une première note de fin de document\endnote{Première note de fin de document.}, une deuxième\endnote{Deuxième note de fin de document.} et \ldots \endnote{\ldots note de fin de document.} \endnote{\ldots note de fin de document.} \endnote{\ldots note de fin de document.} \endnote{\ldots note de fin de document.} \endnote{\ldots note de fin de document.} \endnote{\ldots note de fin de document.} \endnote{\ldots note de fin de document.}: le package enotez associé à hyperref permet l'appel et le retour de note\endnote{\lipsum[1]}.

	\subsection{Traitement expérimental}

		\subsubsection{Hypergravité}
			\label{hypergravite} % on peut mettre systématiquement un \label après chaque titre de partie au cas où un appel \ref{} serait nécessaire

			L'hypergravité consiste à augmenter la force du vecteur gravitaire en lui sur-imposant la force centrifuge. En effet, la force centrifuge induite par la rotation se surimpose à la gravité terrestre ce qui permet d'avoir une force résultante dépendante de la vitesse de rotation. On utilise pour cela des centrifugeuses qui sont des carrousels équipés de nacelles suspendues à des axes libres permettant à la force résultante d'être perpendiculaire au plancher de la nacelle et ainsi obtenir une «gravité» dont la force est supérieure à la gravité terrestre tout en maintenant, pour les individus expérimentaux, l'orientation \og naturelle \fg de celle-ci.
		
		\subsubsection{La centrifugeuse}

			Les caractéristiques techniques de la centrifugeuse\index{centrifugeuse} ont été décrites dans un article de~\cite{jamon_ground-based_2008} et dans la partie~\ref{hypergravite}. Brièvement, la centrifugeuse (Figure~\ref{photo_centrifugeuse}) est de grand diamètre (jusqu'à \SI{3.6}{\m} en rotation). Pour limiter les vibrations, la centrifugeuse repose sur des dispositifs anti-vibrations. Le bruit produit par la centrifugeuse est faible. A un mètre de distance, le niveau sonore n'est que de \SI{58}{\dB} contre \SI{52}{\dB} si la centrifugeuse est arrêtée. Les nacelles sont sur des axes libres et chacune peut contenir trois cages de type standard \qtyproduct{364 x 206 x 131}{\mm} avec 4 souris par cage, soit un total de 48 souris. La centrifugeuse est équipée de caméras infra-rouge couplées à un système de vidéo-surveillance accessible sur internet. Cela nous permet de contrôler les niveaux d'eau et de nourriture ainsi que de conduire des études de l'activité des individus expérimentaux à distance, de jour comme de nuit. La quantité d'eau et de nourriture disponible par cage permet de faire fonctionner la centrifugeuse 3 semaines sans interruption. Les animaux ont à disposition \SI{400}{\g} de nourriture et \SI{500}{\ml} d'eau, mais la consommation de nourriture sur cette période est en moyenne de \SI{209(14)}{\g}, et la consommation d'eau de \SI{258(21)}{\ml} pour une cage de 4 souris.

			\begin{figure}[h!tbp]
				\vspace{0.5cm}
				\setcapindent{2em}
				\centering
				\includegraphics[width=0.7\textwidth]{photo_centrifugeuse.png}
				\caption[Photographie de la centrifugeuse]{Photographie de la centrifugeuse utilisée.}
				\label{photo_centrifugeuse}
			\end{figure}

			\lipsum[2]\index{mauris}

\section{Deuxième partie du deuxième chapitre}

	Le faisceau passe ensuite dans un module comprenant un cristal non linéaire permettant de doubler le féquence (excitation de \SIrange{345}{500}{\nano\meter}). Toutes les mesures ont été faites entre \SIlist{400;1200}{\nano\meter} avec un pas de \SI{5}{\nano\meter}.
	
	\lipsum[3]\index{massa}

	\subsection{Première sous-partie de la deuxième partie}

		\lipsum[4]\index{vehicula}

	\subsection[Sous-partie 2]{Deuxième sous-partie de la deuxième partie} % entre [] pour le texte dans la TOC

		Ajout d'une nouvelle entrée d'index pour la centrifugeuse\index{centrifugeuse} et pour le mot éléphant\index{elephant@éléphant} dont la première lettre est accentué. Les entrées \gls{+a} \gls{2a} \gls{ca} \gls{Aa} \gls{aa} \gls{alpha} {\NoAutoSpaceBeforeFDP}sont dans la nomenclature. On peux utiliser les commandes personnelles pour appeler rapidement des formules lors de la rédaction \acc et passer des arguments aux commandes pour en modifier l'éxécution \emiss[\nu]{\Omega}.
		
		\subsubsection{Ce titre de partie ne s'affiche pas dans la TOC (tocdepth=2) mais dans la TOC locale (etocsettocdepth=3)}

			Voir (Tableaux~\ref{table:alpha}~et~\ref{table:butcher}).

			\paragraph{Ce titre de partie n'est pas numéroté (secnumdepth=3)}~~\\ % ~~\\ fait le saut de ligne après le titre de 'paragraph' sinon le texte suivant est accolé au titre

				% ce saut de ligne indente le texte de 'paragraph' sinon le paragraphe débute à la marge
				Ajout d'une citation entre parenthèses~\parencite{godard_borreliose_2012} avec la commande \textit{\textbackslash parencite}. Ajout d'une citation simple de \cite{zohdy_mapping_2012} avec la commande \textit{\textbackslash cite}. Ajout d'une citation avec année et page entre parenthèses de \textcite[9]{godard_borreliose_2012} avec la commande \textit{\textbackslash textcite}. La citation suivante, sur la même page, de \textcite[12]{godard_borreliose_2012} utilise ibidem avec le style de citation \textit{authoryear-ibid} et l'utilisation des options biblatex \textit{pagetracker} et \textit{ibidtracker}.

			\paragraph{Plusieurs figures côte à côte}~~\\

				\lipsum[66]


				\begin{figure}
					\centering
					\subfloat[Figure A]{\includegraphics[width=.5\textwidth, max height=2in]{example-image-a}}
					\subfloat[Figure B]{\includegraphics[width=.5\textwidth, max height=2in]{example-image-b}}
					\caption{Deux figures}
					\label{fig:deux_figures}
				\end{figure}

			\paragraph{Paramétrer siunitx avec sisetup}~~\\
			
        		Célérité de la lumière dans le vide: $$c=\SI{2.99792458e8}{\meter\per\second}$$

\chapter{ Résultats}
\chaptertoc{}

\section{Modèles}

	%% tableau nécessitant des filets verticaux
	\begin{table}[h!tbp]
		\begin{center}
			\begin{tabular}{c|*{5}{c}}
			0\\
			$c_2$    & $a_{21}$\\
			$c_3$    & $a_{31}$ & $a_{32}$\\
			$\vdots$ & $\vdots$ &           & $\ddots$\\
			$c_s$    & $a_{s1}$ & $a_{s2}$  & $\cdots$ & $a_{s,s - 1}$\\
			\hline
			         & $b_1$    & $b_2$     & $\cdots$ & $b_{s-1}$     & $b_s$\\
			\end{tabular}
		\end{center}
		\caption{Tableau de Butcher}
		\label{table:butcher}
	\end{table}

	%% tableau avec booktabs (sans filets verticaux)
	\begin{table}[h!tbp]
		\begin{center}
			\begin{tabular}{@{}lcc@{}} \toprule
			$\lambda$ (nm) & $(\alpha_{\lambda}/\alpha_{426,7})_{moy}$ & écart type \\ \midrule
			391,9 \& 392,1 & 0,12 & 0,01 \\
			588,9 \& 589,2 & 0,45 & 0,07 \\
			657,8 \& 658,3 & 6,70 & 0,06 \\
			711,3 & 0,16 & 0,01 \\
			711,6 & 0,15 & 0,01 \\
			712 & 0,31 & 0,02 \\ \bottomrule
			\end{tabular}
		\end{center}
		\caption[Valeur moyenne et écart type des rapports $\alpha_{\lambda}/\alpha_{426,7}$]{Valeur moyenne et écart type des rapports $\alpha_{\lambda}/\alpha_{426,7}$ mesurés pour les chocs plasma de la deuxième série.}
		\label{table:alpha}
	\end{table}

%\newpage

\section{Articles}

	\fullcite{mohamed_clinical_2014}
	% avant d'intégrer un article dans votre thèse, consulter http://www.sherpa.ac.uk/romeo/ si vous souhaitez diffuser sur internet
	\includepdfset{pagecommand=\thispagestyle{scrheadings}} % ajoute la numérotation continue des pages aux fichiers pdf importés
	\includepdf[scale=0.9,pages=-]{BMC-1471-2334-14-S2-O1.pdf} % 'scale' ajuste la taille du pdf, vous pouvez affiner en fonction des marges

\addchap{Conclusion}
\lipsum[1-2]

\addchap{Introduction}
\lipsum[1-2]

\documentclass[french]{amu_these}

\begin{document}

										
	\input{tex_before/titre.tex}			%% page de titre
										
	\input{tex_before/affidavit}			%% affidavit et licence

	\input{tex_before/publications}			%% liste de publications et participation aux conférences

	\input{tex_before/resume}				%% résumé

	\input{tex_before/abstract}				%% abstract

	\input{tex_before/remercie}				%% remerciements

    \microtypesetup{protrusion=false}	%% désactive la protrusion (TOC LOFT GLS)
	\tableofcontents					%% TOC
	\listoffigures						%% LOF
	\listoftables						%% LOT
	\printglossary[						%% acronymes
		type=\acronymtype,
		title={Liste des acronymes},
		toctitle={Liste des acronymes}
		]
	\printglossary[						%% glossaire
		title={Glossaire},
		toctitle={Glossaire}
		]
	\printglossary[						%% nomenclature
		type=notation,
		title={Nomenclature},
		toctitle={Nomenclature}
		]
    \microtypesetup{protrusion=true}	%% rétabli la protrusion

	\ohead{\leftmark\Ifstr{\rightmark}{\leftmark}{}{ -- \rightmark}}	%% place le chapître et la partie en en-tête

	\input{tex_body/intro}

	\input{tex_body/chap1}

	\input{tex_body/chap2}

	\input{tex_body/chap3}

	\input{tex_body/conc}

	\appendix

	\newpage
	\printbibliography[heading=bibintoc]%% bibliographie
	
	\newpage
	\printindex							%% index
	
	\newpage
	\printendnotes						%% notes

	\input{tex_behind/annexes}			%% annexes

\end{document}